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首先，朱棣在朱元璋还在位时就曾发生过兵变，起义军袭占了南京。虽然最后被击败，但朱元璋对此却铭记在心，因此并不信任朱棣。

其次，朱元璋想要确保皇位稳定，而朱棣在朱元璋去世后的南京政变中展现了极强的决断力和组织能力，这也让朱元璋的继承人们开始怀疑他是否会抢夺皇位。

最后，朱元璋在生前一直想要废除世袭制，使皇位更加稳定，因此他希望能够找到一个没有兄弟争夺、能够团结所有子孙的人来继承皇位。而朱允炆恰好符合这一点，因为他是朱标唯一的儿子，没有兄弟争夺，同时也因为性格温和，被认为能够团结朱家的所有子孙。

虽然朱元璋的考虑有一定合理性，但实际情况证明，他的决定并没有起到预期的效果。朱允炆治下的明朝时期动荡不安，最终被朱棣篡位。

第四个原因是，朱元璋认为朱棣可能会挑战他的权威，尤其是因为朱棣在南征北战中展现了出色的军事才能和治理能力，这让他担心朱棣会像自己当年那样篡位夺权。

综上所述，尽管朱元璋有多个儿子可以继承皇位，他最终选择了朱允炆作为储君。虽然朱允炆性格不足以胜任帝位，但他是朱标的长子，是传统继承规则下的合法继承人。而朱棣则因为嫡长子的身份不如朱允炆，同时他的雄才大略和不屈不挠的性格，也让朱元璋感到有些担忧。最终，这个选择成为了朱元璋政治生涯中一个极为重要的决策，因为它间接导致了明朝的“靖难之役”，以及朱棣最终篡位登基成为明成祖的历史事件。